Pendiri sekaligus tokoh sentral pondok Pesantren Sunan Pandanaran Yogyakarta adalah K.H. Mufid Mas’ud. Beliau merupakan keturunan ke-14 dari Sunan Pandanaran. Mbah Mufid sendiri lahir di Solo Jawa Tengah pada tahun 1928 yang bertepatan dengan hari Ahad Legi tanggal 25 Ramadhan. Beliau adalah putra kedua dari tujuh bersaudara. Ayahanda beliau bernama Kiai Ali Mas’ud.
Melihat garis keturunan K.H. Mufid tersebut dapat dipastikan bahwa beliau tumbuh dalam lingkungan keluarga yang agamis. Di samping mendapatkan bimbingan keagamaan langsung dari orangtua, pendidikan dasar KH. Mufid ditempuh di Madrasah Ibtidaiyah Manbaul ‘Ulum, cabang Solo di bawah asuhan KH. Sofwan. Selama lima tahun (1937-1942). Kemudian pada tahun 1942 pula, beliau nyantri di Pesantren Krapyak, Yogyakarta.
Tiga tahun kemudian, beliau melanjutkan hafalan al-Qur’an kepada KH. Muntaha di Wonosobo. Namun di tahun 1950, KH. Mufid kembali ke Krapyak dan menikah dengan Hj. Jauharoh. Meski demikian, beliau tetap mengaji al-Qur’an kepada KH. Abdul Qadir dan KH. Abdullah Affandi. Sedangkan untuk memperdalam ilmu-ilmu keislamannya, beliau mengaji kitab kepada KH. Ali Maksum.
Motto Mbah Mufid dalam belajar yang mabruk adalah ulet, rajin serta shuhbatu ustazin (taat dan bersahabat karib dengan guru). Dan di antara guru yang pernah beliau datangi sebagai murid adalah KH.Abdul Hamid (Pasuruan), Sayyid Muhammad Ba’abud (Malang), KH. Muntaha (Wanosobo), KH. Ali Maksum (Yogyakarta), Syeikh Muhammad Yasin bin Muhammad Isa al-Fadani (Makkah), dan Sayyid Muhammad bin Sayyid Alwy al-Hasani al-Maliky al-Makky (Makkah).