Selain kurikulum Tahfidz, Ibadah Yaumiyah, Santri PP Sunan Pandanaran juga mendapatkan pendidikan formal pada jenjang Perguruan Tinggi (STAI Sunan Pandanaran), SMA/MA (MA Sunan Pandanaran, MA Al Jauhar, SMA Pesantren Afaada), SMP/MTs (MTs Sunan Pandanaran, MTs Al Jauhar, SMP Pesantren Afaada), SD/MI (MI Sunan Pandanaran, MI Al Jauhar), TK/RA (RA Sunan Pandanaran, RA Al Jauhar).
